В сентябре климат в Усть-Щугере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Щугере 15 дождливых, 7 пасмурных, 5 с переменной облачностью и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Усть-Щугер cчитается местом, некомфортным для посещения.