В сентябре климат в Усть-Цильме можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Цильме 18 дождливых, 11 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Усть-Цильма cчитается местом, некомфортным для посещения.