Июнь в Среднеколымске — самый ветреный месяц в году. В июне климат в Среднеколымске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 17 градусов тепла. В среднем в июне в Среднеколымске 10 дней с переменной облачностью, 9 дождливых, 7 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.