В сентябре климат в Шенкурске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Шенкурске 13 дождливых, 9 с переменной облачностью, 5 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и октябре Шенкурск cчитается местом, некомфортным для посещения.