Сентябрь в Северо-Енисейском — самый пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Северо-Енисейском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Северо-Енисейском 12 дождливых, 8 пасмурных, 8 с переменной облачностью и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, ноябре и декабре Северо-Енисейский cчитается местом, некомфортным для посещения.