В сентябре климат в Сан-Томе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Томе 20 пасмурных, 8 дождливых, 1 ясный и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.