В сентябре климат в Сан-Себастьяне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Себастьяне 12 ясных, 12 с переменной облачностью и 6 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в августе Сан-Себастьян cчитается местом, комфортным для посещения.