В июне климат в Сан Фернандо де Апуре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 27 градусов тепла. В среднем в июне в Сан Фернандо де Апуре 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Сан Фернандо де Апуре cчитается местом, некомфортным для посещения.