В сентябре климат в Сан-Кристобаль-де-лас-Касасе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 21 градус тепла. В среднем в сентябре в Сан-Кристобаль-де-лас-Касасе 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Сан-Кристобаль-де-лас-Касас cчитается местом, некомфортным для посещения.