Сентябрь в Какортоке — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Какортоке можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Какортоке 14 дождливых, 10 ясных, 4 с переменной облачностью и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Какорток cчитается местом, некомфортным для посещения.