В июне климат в Пуэрто-Вальярта можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 26 градусов тепла. В среднем в июне в Пуэрто-Вальярта 21 дождливый, 6 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе и сентябре Пуэрто-Вальярта cчитается местом, некомфортным для посещения.