В июне климат в Пуэрто-Наталес можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в июне 4 градуса тепла. В среднем в июне в Пуэрто-Наталес 13 дождливых, 9 пасмурных, 4 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Пуэрто-Наталес cчитается местом, некомфортным для посещения.