Сентябрь в Пуэрто-Мальдонадо — самый жаркий месяц в году. В сентябре климат в Пуэрто-Мальдонадо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 31 градус тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Мальдонадо 13 дождливых, 10 ясных и 7 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.