В июне климат в Пуэрто-Франсиско-де-Орельяна можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 27 градусов тепла. В среднем в июне в Пуэрто-Франсиско-де-Орельяна 26 дождливых, 3 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Пуэрто-Франсиско-де-Орельяна cчитается местом, некомфортным для посещения.