В июне климат в Пуэрто-Аякучо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Пуэрто-Аякучо 29 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Пуэрто-Аякучо cчитается местом, некомфортным для посещения.