В сентябре климат в Пинеге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пинеге 17 дождливых, 12 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Пинега cчитается местом, некомфортным для посещения.