В сентябре климат в Оротукане можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Оротукане 14 дождливых, 7 пасмурных, 5 ясных, 2 со снегом и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Оротукан cчитается местом, некомфортным для посещения.