В сентябре климат в Нижнем Шкафте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нижнем Шкафте 10 дождливых, 8 ясных, 7 с переменной облачностью и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно слабые.