Июнь в Нагасаки — самый дождливый и пасмурный месяц в году. В июне климат в Нагасаки можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Нагасаки 26 дождливых, 2 ясных и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, июле и августе Нагасаки cчитается местом, некомфортным для посещения.