Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Муонио 14 пасмурных, 12 дождливых, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Муонио cчитается местом, некомфортным для посещения.