Сентябрь в Мойобамбе — самый теплый месяц в году. В сентябре климат в Мойобамбе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мойобамбе 24 дождливых, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Мойобамба cчитается местом, некомфортным для посещения.