В сентябре климат в Кысыле-Сыре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кысыле-Сыре 10 дней с переменной облачностью, 8 дождливых, 8 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.