В июне климат в Кысыл-Сыре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 20 градусов тепла. В среднем в июне в Кысыл-Сыре 10 дней с переменной облачностью, 8 ясных, 7 дождливых и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в июле Кысыл-Сыр cчитается местом, комфортным для посещения.