В сентябре климат в Кота-Кинабалу можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кота-Кинабалу 21 дождливый, 5 пасмурных, 3 с переменной облачностью и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, марте, апреле и мае Кота-Кинабалу cчитается местом, некомфортным для посещения.