В сентябре климат в Кош-Агаче можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кош-Агаче 15 ясных, 12 с переменной облачностью и 3 дождливых дня. Дожди преимущественно слабые.