В сентябре климат в Кайнаре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Кайнаре 23 ясных, 4 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в августе Кайнар cчитается местом, комфортным для посещения.