В июне климат в Кайнаре можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 31 градус тепла. В среднем в июне в Кайнаре 14 ясных, 10 дождливых, 5 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в январе, феврале, марте и июле Кайнар cчитается местом, некомфортным для посещения.