В сентябре климат в Джаяпуре можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 28 градусов тепла. В среднем в сентябре в Джаяпуре 26 дождливых, 2 пасмурных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Джаяпура cчитается местом, некомфортным для посещения.