В сентябре климат в Ираклионе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ираклионе 27 ясных, 2 дождливых и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Ираклион cчитается местом, комфортным для посещения.