В сентябре климат в Генерал-Сантосе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 26 градусов тепла. В среднем в сентябре в Генерал-Сантосе 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Генерал-Сантос cчитается местом, некомфортным для посещения.