В июне климат в Фернанду-ди-Норонья можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 26 градусов тепла. В среднем в июне в Фернанду-ди-Норонья 22 дождливых, 6 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Фернанду-ди-Норонья cчитается местом, некомфортным для посещения.