В феврале климат в Фанагорийском можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в феврале 6 градусов тепла. В среднем в феврале в Фанагорийском 8 пасмурных, 7 дождливых, 6 ясных, 6 с переменной облачностью и 2 дня со снегом. Дожди преимущественно умеренные. В феврале, а также в январе, марте, ноябре и декабре Фанагорийское cчитается местом, некомфортным для посещения.