В сентябре климат в Эгильсстадире можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Эгильсстадире 25 дождливых, 3 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Эгильсстадир cчитается местом, некомфортным для посещения.