В сентябре климат в Чолпон-Ате можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Чолпон-Ате 17 дней с переменной облачностью, 8 ясных, 3 дождливых и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.