В сентябре климат в Капитан-Пастене можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Капитан-Пастене 11 дней с переменной облачностью, 9 дождливых, 9 ясных и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно умеренные.