В сентябре климат в Ботуобуйинском наслеге можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ботуобуйинском наслеге 14 пасмурных, 11 дождливых, 4 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Ботуобуйинский наслег cчитается местом, некомфортным для посещения.