В июне климат в Ботуобуйинском наслеге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 19 градусов тепла. В среднем в июне в Ботуобуйинском наслеге 13 дней с переменной облачностью, 6 дождливых, 6 ясных и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно слабые.