В сентябре климат в Борогонском наслеге можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 4 градуса тепла. В среднем в сентябре в Борогонском наслеге 10 дней с переменной облачностью, 9 пасмурных, 7 ясных, 3 дождливых и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые.