В сентябре климат в Большом Атлыме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Большом Атлыме 11 дождливых, 10 с переменной облачностью, 6 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, октябре и ноябре Большой Атлым cчитается местом, некомфортным для посещения.