В сентябре климат в Боготоле можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Боготоле 16 дождливых, 6 ясных, 4 пасмурных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Боготол cчитается местом, некомфортным для посещения.