В сентябре климат в Бокас-дель-Торо можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Бокас-дель-Торо 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Бокас-дель-Торо cчитается местом, некомфортным для посещения.