Сентябрь в Апатитах — самый ветреный месяц в году. В сентябре климат в Апатитах можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Апатитах 15 дождливых, 7 с переменной облачностью, 6 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, мае и июне Апатиты cчитается местом, некомфортным для посещения.